Anafade está compuesta por una Asamblea, una Junta Directiva, un Director Ejecutivo, y una serie de órganos de apoyo como las Comisiones de Ética, Electoral, y de Afiliación.
La Asamblea es el órgano supremo de la Asociación y represente a toda la universalidad de sus miembros.
La Junta Directiva es el órgano encargado de dirigir y administrar la Asociación y está constituida por nueve miembros, a saber: un Presidente, un Vicepresidente, un Secretario, un Tesorero y cinco Vocales.
Finalmente corresponde al Director Ejecutivo ejercer la gerencia operativa de la asociación.
Director Ejecutivo: Carlos Masiá Vieweg
Asesor Legal: Dr. Humberto Hernández Calimán